Ассоциация молодых ученых КГУ ведет свое начало с 1996 года. В феврале 1996 года приказом ректора КГУ Ю.Г. Коноплева 25 молодых преподавателей были отправлены на тренинг в лагерь «Солнечный», которым руководила доцент Т.Т. Сидельникова. Они представляли следующие факультеты: истфак, филфак, биофак, географак, экономфак, геофак, физфак и татфак. В апреле 1996 года прошло первое заседание, и это можно считать официальной точкой отсчета Ассоциации как общественной организации КГУ.

Первым председателем Ассоциации был избран ассистент истфака Б.М. Ягудин. Шло время, ряды членов Ассоциации росли, вовлекались новые факультеты. В мае 1997 года в КГУ прошел первый конкурс «Лучший молодой преподаватель КГУ». Продолжалась практика проведения тренингов, руководство КГУ выделило для аспирантов и молодых преподавателей отдельный блок в общежитиях №3 и №6. Стало доброй традицией отмечать вместе праздники: Новый год, День учителя и т.д. с выездом на Кордон.

В 2000 году новым председателем был избран ассистент истфака О.В. Бодров. С этого времени традиционными стали встречи с интересными людьми КГУ: профессорами, зав. кафедрами, деканами факультетов. Ассоциация активно участвовала в общественной жизни КГУ.

В апреле 2004 года председателем Ассоциации был избран доцент мехмата Н.Р. Абубакиров. На 2003-2005 годы пришлась естественная смена поколений, появились новые активные преподаватели и аспиранты.

Не оставались в стороне и социальные стороны жизни членов Ассоциации. К 200-летию КГУ 8 членов Ассоциации улучшили свои жилищные условия, получив новые квартиры.    Также был возрожден конкурс «Лучший молодой преподаватель КФУ» после 9-летнего перерыва. В 2006 году  21 ноября впервые состоялась торжественная встреча аспирантов 1 года обучения с ректором.

После того, как на отечественном научно-образовательном пространстве возник новый вуз под название «Казанский (Приволжский) федеральный университет», Ассоциация молодых ученых КГУ преобразовалась в Ассоциацию молодых ученых КФУ.

В 2012 году состоялась конференция молодых ученых КФУ, на которой был избран новый председатель Ассоциации Туманин Виктор Евгеньевич, доцент Института международных отношений, истории и востоковедения. Также были избраны новые члены Совета из всех подразделений, на тот момент входивших в состав КФУ, а также новый Устав Ассоциации.

13 февраля 2015 года на конференции молодых ученых КФУ избран новый состав Совета АМУ, возглавил который Варфоломеев Михаил Алексеевич, доцент Химического института им. А.М. Бутлерова.

На сегодняшний день каждый институт и факультет имеют своих представителей в Совете Ассоциации.

За последние годы АМУ стала неотъемлемой частью общественной и научной жизни университета. Представители Совета участвуют во всех крупных мероприятиях, проводимых в КФУ. Благодаря такой активности АМУ добилась реализации системы поддержки молодых ученых в КФУ.

На данный момент она включает в себя следующие меры:

• Стипендия Попечительского Совета для молодых ученых в области нефтехимии, фармацевтики, математики и информационных технологий
• Научная стипендия для приглашенных молодых ученых КФУ со степенью PhD
• Стимулирующая выплата ректора молодым ученым КФУ, осуществляющим перспективные научные исследования
• Служебное жилье для зарубежных и иногородних молодых ученых
• Поддержка публикационной активности молодых ученых.